Разница между регистрами накопления

ТоварыНаСкладах - регистр, отражающий физический склад(склады). Вы не видите физически на склоаде себестоимость товара, какой организации он принадлежит (если не делать специального разделения)
ТоварыОрганизаций - был придуман для контроля товаров в разрезе организаций. Т.е чтобы вы при отгрузке не "продали" от имени оранизации А товар, принадлежащий организации Б. По идее, дублирует данные регистра ТоварыНаСкладах в разрезе Организаций
ТоварыВРознице - кроме учета по количеству реализует учет по продажной стоимости. Т.е. передавая товар в розницу вы заранее фиксируете стоимость, за которую он будет продан
Партии - учет в разрезе партий. Необходим для получения информации о себестоимости товаров (или в разрезе каждой партии, или в куче, если не используется FIFO/LIFO)

принципиальная разница, что в базах могут вестись учеты по нескольким организациям, а на одном и том же складе леажть товары разных организаций.
Вот и завели 2 РН товары организаций, товары на складах
Для розничной торговли отдельный регистр товары в рознице
Ну а партионный учет сами понимаете тоже надо где-то хранить...
В одном месте все не сложишь