Организация учёта в УТ 10.3

(22)
Не надо переписывать, надо отделить мух от котлет.

В бухгалтерском учете у вас каждое юрлицо независимо, у каждого - замкнутый баланс, каждое юрлицо не должно продавать товар, который не покупало. Это, как бы, закон.

В этом варианте есть два способа ведения бизнеса (и управленческого учета / управления)

Первый состоит в том, что управленцы полагают, что у вас есть единый склад, какие-то юрлица на него покупают, какие-то продают с него. Прибыль для управленческих нужд считается в целом. Внутренние документы по перепродаже товаров между юрлицами - вопросы сугубо бухгалтерии, и рождаются "от обратного", позже конечных продаж / покупок, чтобы скомпенсировать перекосы в бухучете.

Второй - в том, что у вас "реальный интеркомпани" - каждое юрлицо имеет на складе свой "подсклад", на котором находятся только юридически его товары, и ваши управленцы реально так и работают. Внутренние документы рождаются по факту реального переноса товаров между юрлицами, либо непосредственно перед сделками конечных покупок / продаж. Прибыль считается по каждому юрлицу-складу раздельно, с учетом внутренней наценки каждого субъекта.

Оба способа используются в реале. В основном, первый. Конкретно в одном из "вторых" случаев, собственник делил бизнес исходя из немного разных сфер деятельности, и хотел видеть прибыль по каждой сфере деятельности, чтобы мотивировать руководителей подразделений, поэтому было сделано так.

Ваш, очевидно, тоже первый. Правда, ваш заказчик должен понимать, что в НК РФ есть теперь новая статья 54.1, которую неизвестно как еще будут применять, и возможно, для таких вот случаев, тоже.

УТ10 более заточена как раз под первый способ. Все, что нужно для него, у вас, в принципе, есть в типовой конфе, и требует, иногда, минимальных доработок.
Склад для этой базы не делится в разрезе юрлиц, т.к. оперативный (регистр ТоварыНаСкладах) и партионно-суммовой (регистр ПартииТоваровНаСкладах) учет ведется безотносительно организации - там просто нет такого измерения.

Вы должны занести начальный остаток в количестве (в оба регистра) и в сумме (в регистр ПартииТоваровНаСкладах) на единый склад (или несколько складов, но по привязке к реальным местам хранения, а не к юрлицам !). Далее, вы покупаете и продаете товар со склада (складов), и выбираете то юрлицо, которое вам удобно. Контролируете ли вы отрицательный остаток, или нет - это вопрос сугубо организации складского учета. По крайней мере, его контролировать можно.
В результате, при условии отсутствия междокументных отрицательных остатков, правильном подходе к восстановлению последовательности, количественный и суммовой остаток, а также себестоимость продаж, будут определяться именно так, как вы хотите.

В бухгалтерию вы выгружаете необходимые документы, и в бухучете каждого юрлица (грубо говоря, в 41 счете) складываются уже свои, бухгалтерские, остатки, которые нужно будет скомпенсировать внутренними покупками-продажами. Здесь уже нужно заранее иметь схему, на какое юрлицо у вас товар покупается, а с какого - продается. Обычно покупают на одно юрлицо, которое потом распродает остальным юрлицам. Иначе, несмотря на понятный и корректный упр. учет, в бухучете у вас будет бардак и вы задеретесь это разруливать (потому что если что-то купил ЕНВД-шник, это уже неудобно будет продавать на юрлицо, которое работает по общей системе, в отличие от наоборот).

При известной ловкости рук, вы можете использовать флажки "Отражать в бухгалтерском учете", "Отражать в управленческом учете" для того, чтобы, используя регистр "Товары организаций" (который как раз делит товары по юрлицам в рамках одного склада), и внеся небольшие переделки в конфу, в этой же базе делать ваш внутренний оборот купли-продажи, но он не должен отражаться в управленческом учете, чтобы не двигать остатки упр. учета, и не искажать прибыль. (На эту тему можно писать монографии, это точно не объяснить в рамках ответа на первоначальный вопрос).

Если же вы хотите работать по второму варианту, то склады надо будет размножить не только по физическим местам, но еще и по юрлицам (Склад 1 / ООО Рога, Склад 1 / ООО Копыта). Но тогда и работать вам надо будет с этой же логикой - заранее (до конечных сделок) решать, что кому и кто продаст, и физически переносить товар между "юридическими" отделениями каждого склада.

У вас же, судя по постановке вопроса (хотя я могу быть не прав, я просто предполагаю), есть некая помесь ежа с ужом, когда склады у вас завязаны не с физическими местами хранения, а со структурой юрлиц (а скорее всего, вы даже точно не совсем понимаете, как они разделены), в результате чего, в управленческий учет выносится "мнимое" разделение реального товара между юрлицами, и у вас, в результате, нет ни упр. учета по местам хранения, ни бухучета по юрлицам. Именно в правильном разделении и соотношении этих вопросов и находится ваша основная проблема. Т.е. это не вопрос автоматизации, а вопрос схемы.