В документе РТУ неверно указана предоплата

(1)
Проблема не в том, что другой РТУ попал в предоплату по РТУ, а в том, что у вас сложилась ситуация, это вызвавшая.
(А судя по тому, что вы задали этот вопрос, возможно она не одна, а их накопилась масса).

Попадает он только при автоматическом заполнении (насколько я помню, вручную это изобразить штатно нельзя), и это означает, что по "попавшему" РТУ у вас в учете по документам расчетов был аванс, чего нормально быть не должно (аванс должен быть по платежкам и корректировкам долга). Откуда он взялся - это надо глубоко смотреть в ваш учет. Посмотрите у меня в публикациях, есть статья на эту тему, в которой написаны типичные ошибки, и предложен ряд контрольных отчетов.

Из приходящих на первый взгляд причин, возможно ваш случай - результат корректировки реализации на уменьшение, при включенном учете взаиморасчетов (у УПП/КА есть баг, и к таким случаям надо добавлять хитрую корректировку долга). А возможно вы правили раскладку предоплат (в реализациях) / долгов (в платежках) задним числом - сначала полностью погасили долг по "попавшей" реализации, а потом задним числом "еще раз погасили" другим документом, или уменьшили реализацию.

Далее все упирается в вопросы "а заметен ли этот аванс на фоне возможного бОльшего долга, или нет", и "осознаете ли вы, из каких соображений у вас включен учет по документам расчетов", и "как ручное указание документа долга/предоплаты коррелирует с бухгалтерским учетом (в части порядка погашения однородных требований)", и исходя из этого, возможны, различные последствия, разлетающиеся веером. Сложно что-то сказать телепатически, надо смотреть очно, или вы просто должны сами научиться понимать методику учета. Из очевидных возможных:

В НДС с авансов: К РТУ, по которой завис аванс, счет-фактуру на аванс выставить нельзя, поэтому у вас может слегка "развалиться" 76.АВ (и не соответствовать 62.х2 * Ставку до тех пор, пока аванс не зачтется). Это не относится к данному контрагенту, судя по всему, т.к. экспорт в Таможенный союз, но может проявляться с другими.

В аналитических отчетах по взаиморасчетам: Если есть какие-то отчеты, определяющие просрочку и аванс/долг по документам расчетов, то они могут быть искажены. Я не знаю чем именно вы пользуетесь из типовых отчетов, плюс возможно у вас есть что-то свое, опирающееся на эти данные.

В бухучете 62 счета: Ваш аванс может висеть на 62.х1 красным вместо 62.х2, пусть даже невидимо в ОСВ (зато заметно отчетами по регистру накопления, РасчетыПоРеализацииВУсловныхЕдиницахОрганизаций, где на самом деле ведется учет взаиморасчетов с покупателями), искажая разделение на авансы и долги, и в будущем у вас может необъяснимо (с первого взгляда) образовываться отрицательные долги и авансы, или одновременно долг и аванс по одному контрагенту и договору на 62.х1 и 62.х2 счетах.

Как сказал cherva, восстановление последовательности сделать надо обязательно. Но поскольку у вас в договоре включен "Учет по документам расчетов" зачет авансов/погашение долгов определяется ручным заполнением, и единственное что она может исправить - это в валютных и у.е.шных договорах привести рублевое покрытие к валютному. У вас же проблема уже в валютных суммах.