В каком случае в Справке 2-НДФЛ налог "Исчисленный" неравен "Удержанному", БП 3.0?

Обычно удержание выполняется документами Ведомость в банк и Ведомость в кассу.
Например в версии 2.5 простейший пример когда 1с вообще не подтягивает удержанный НДФЛ это если после того как был выплачен аванс по итогам месяца вся зарплата сотрудника была удержана и поэтому выплаты в сроки зарплаты не было вообще.

Посмотрите у себя регистр накопления "Расчеты налогоплательщиков с бюджетом по НДФЛ"
там вы можете отобрать сотрудника и проваливаясь двойным щелчком в строки посмотреть какой документ сколько занес в НДФЛ "Исчисленный" (это строки в которых не заполнен "Вариант удержания") и сколько в НДФЛ "Удержанный" (это строки в которых "Вариант удержания" - Удержано)

не всегда удержание выполняется документами Ведомость в банк и Ведомость в кассу. Если в настройке учета зарплаты и управления персоналом - Расчет зарплаты - стоит галочка ПРИ начислении НДФЛ принимать исчисленный налог к учету как удержаный, то в регистрах будет проставляться налог исчисленным при проведении документа "Зарплата к выплате"

это в 8.2 и 8.3 упп. посмотрите в параметрах учета, вкладочка заработная плата.

когда мы поставили галочку возле параметра "начислении НДФЛ принимать исчисленный налог

к учету как удержаный", то документ зарплата к выплате обозначался значком как оплаченный

после проведения и к нему не прицеплялся никакое платежное поручение.

И в регистрах налог стоял как исчисленный и удержаный.

А может из-за вычета на квартиру.

Еще вариант, если сотрудник проработал половину месяца, ему выплатили аванс (НДФЛ при авансе не удерживаем), а потом заболел или взял б/с на остаток месяца. Тогда при начислении зарплаты за месяц мы исчислим ему НДФЛ, но так как платить нечего (мы все выплатили в аванс), то и удерживать не с чего....