Взаиморасчеты собственных юридических лиц в УНФ, как правильно сделать ?

в платежном поручении указывай ИНН плательщика за которого проводится оплата

внутренние взаиморасчеты можно закрыть бартером, услугами, желательно в рамках налогового кодекса

УНФ и так программа для управленческого учета (в отличие от УТ, которая для оперативного товарного учета)
В ней используется две схемы учета по нескольким организациям: "независимая" (каждый сам за себя) и по "компании" (все организации - единое целое). Этот параметр задается в начале ведения учета по нескольким организациям и является ключевым (неизменным).

Как я понял у Вас "Вариант 1"
Поэтому используйте документ "Корректировка регистров" или "Корректировка долга" (изменение долга покупателя в одной компании и изменение долга поставщика в другой организации или иные вариации с долгом).
Для этих целей целесообразно написать обработку ( лучше внешнюю ) по переносу долга, которая формировала необходимый набор документов по переносу долга.
Аналогично можно сделать и по переносу товарных остатков между организациями (Продажа -Поступление)