Слетает факт оплаты и отгрузки заказов при синхронизации УТ 11.3 <-> БП 3.0

Здравствуйте!
В небольшой фирме ведется оптовая продажа с одного склада. Для автоматизации используется платформа 8.3.10.2505 с конфигурациями БП 3.0.51.22 и УТ 11.3.4.31. Между ними настроена синхронизация. Менеджеры заводят заказы в УТ на основании коммерческих предложений, по ним выставляют счета, заводят поступления безналичных ДС и реализации товаров и услуг. Документом-основанием всех этих документов является заказ клиента.
Проблема в том, что бухгалтер после синхронизации в БП в качестве документа-основания для всех платежек и реализаций товаров и услуг создает договор с контрагентом, который именуется номером выставленного счета. Соответственно связь всех документов в УТ после последующих синхронизаций слетает. В реестре заказов пропадает факт оплаты, факт отгрузки, в реализациях товары из заказа идут сверх заказа, что создает также путаницу среди остатков на складе. Подскажите, как можно реализовать синхронизацию между БП и УТ с привязкой всех документов не к заказу, а к созданному в БП договору, либо поясните, можно ли отказаться от этих договоров. Бухгалтер аргументирует необходимость создания договора по каждому заказу тем, что реализует таким образом счет-договор.