хотелось бы изолировать данные в томах от доступа этого ПО и пользователей
Необходимо дать права на уровне NTFS на чтение/изменение/добавление на ресурс с томом только пользователю, под которым работает сервис сервера 1С ну и Администратору сервера.
А не видите вы файлов опять же из-за файловых прав доступа .