Загрузка конфигурации из файла

Есть база БП 3.0, чуть чуть дописанная. До меня её кто только не обновлял, концы утеряны.
При стандартной процедуре обновления, на этапе вывода "дважды измененных" конфигуратор показывает гораздо больше объектов, чем реально было дописано.
Например, он считает, что был удален типовой объект метаданных и добавлен новый с тем же именем (битые сопостовления идентификаторов).

Первоначально было принято такое решение: взять типовую конфу этого релиза, на нее внести сравнением/объединением РЕАЛЬНЫЕ дописки, сохранить эту "вылеченную" конфу, и методом "загрузить конфигурацию из файла" закатать ее поверх текущей. И затем уже обновлять по человечески.

Однако затем выяснилось, что в обновленной базе НДФЛ при начислении зарплат начал считаться "в минус". Ни дороботки ни битые объекты, ничего из того что видел при всех своих манипуляциях не было связано ни с зарплатой, ни с НДФЛ.

Начал копаться, методом исключения установил, что ломается это дело именно из-за "загрузить конфигурацию из файла".
И потом я нашел очень странную вещь.
Во время обновления КБД после загрузки конфигурации я в списке изменений вижу:
<...>
Объект изменен: Документ.СправкаНДФЛ
Объект изменен: Документ.СправкиНДФЛДляПередачиВНалоговыйОрган
<...>
И я обратил внимание, что ни в старой конфигурации, ни в вылеченной, эти объекты не отличаются от типовых. Они не были "битыми", ничего такого. И соответственно не отличаются между текущей конфигурацией и загружаемой. Я проверил это через "сравнение/объединение с конфигурацией из файла" - и там такие объекты в различающиеся не попадают.

Вопрос, почему же они по итогу меняются системой (там таких "Объект изменен" не 2 а целая куча)?

Дописки в типовую базу заключались только в добавлении новых объектов или изменении кода моодулей/форм. Мне казалось, что в таких случаях можно загружать конфигурацию этого же релиза загрузкой...