Трудности с обновлением не типовой БП 3.0

Всем добрый день. Очень начинающий программист 1с. Была поставлена задача - обновить не сильно дописанную БП 3.0, примерно трех месячной давности, на актуальный релиз.
По рутине обновления нетиповых вопросов нет. Трудности другого характера:

Выяснилось, что до меня (концов уже не найти), при обновлении накосячили, и конфигурация перестала опрятно выглядеть. Нужно эту ситуацию исправить.
Скажем, у меня развернута не тронутая копия базы клиента, не обновленная, а такая, какая она у него сейчас.
Далее приму сокращения: КП - Конфигурация Поставщика, НКП - Новая Конфигурация Поставщика, ОК - Основная (Рабочая) Конфигурация.

Теперь конкретно:

1) База находится на состоянии поддержки "Объект поставщика снят с поддержки Имеются дочерние нередактируемые объекты поставщика, препятствующие удалению". Насколько мне известно, это уже плохо. База, как я сказал, по факту дописана мало, но зачем то ВСЕ объекты сняты с замка, а часть из объектов и того не лучше снята с поддержки вовсе.

2) а) Если я сравниваю через "Конфигурация -> Сравнение конфигураций" КП с ОК, то я вижу конкретно дописанные объекты. Скажем, условно, для простоты, я вижу, что разница в 3 справочниках и 6 документах. В них реально есть изменения, судя по отчету.
б) Если я сравниваю через "Конфигурация -> Поддержка -> Настройка поддержки -> Сравнить, объединить", то список уже больше, скажем, 6 справочников и 10 документов. Кроме тех, что я уже видел в сравнении выше, там есть еще и такие, изменения в которых все до единого похожи примерно на следующее: "Добавлен реквизит А. Удален реквизит А. Добавлена команда на форму Б. Удалена команда с формы Б." итп.
в) Если я выгружу КП в файл и сравню через "Конфигурация -> Сравнить, объединить с конфигурацией из файла", я опять, как и в ситуации "а)" вижу только действительно дописанные объекты.

3) В ходе стандартной процедуры обновления, с прохождением окна трехстороннего сравнения, и далее все по теории, особых проблем нет. Разве что в дважды измененные объекты глядишь и попадет объект, который на самом деле не дописывался. Например, какой нибудь модуль из обработки. И начинаешь там щелкать галочки на все функции, чтобы забрал все из НКП.
После процедуры обновления, база работает. Заходит в режим предприятия, все вроде бы ок.
Но если провести затем сравнение КП с ОК, мы увидим, что различий опять значительно больше, чем по факту их должно быть, и, насколько я понял, они все связаны именно с тем, что у объектов есть элементы с одинаковым именем, но которые для конфигуратора как бы разные. И он пишет, что один из них присутствует только в КП, а другой только в ОК, и отсюда все это и попадает в "показать различия в конфигурациях".

4) В конце концов, если через "Конфигурация -> Поддержка -> Настройка поддержки -> Сравнить, объединить" попытаться принудительно забрать из НКП все измененные, но по факту не дописанные объекты, он не хочет затирать эти старые реквизиты/команды/формы, а выдает ошибки дублирующихся объектов метаданных при последующем обновлении конфигурации БД.

Подскажите, что с этим делать. Я понимаю, что до меня кто то обновлял и допустил ошибки, и скорее всего там побились идентификаторы.
Но мой уровень в 1с еще достаточно низок, и хочется верить, что есть более простой способ исправить эту кашу. Без выноса данных адскими обработками и копошения в базе руками с шансами сломать даже то, что раньше работало.