Обновление конфигурации в случае измененной поставки.

Насколько я понял, вы ухитрились поставить конфигурацию на собственную поддержку (т.е. заменили конфигурацию поставщика с оригинальной на свою).
В принципе, можно продолжать так и жить :) Продолжать обновлять тестовую конфигурацию, а рабочую - через файлы поставки из нее.
Вернуть оригинальную поддержку будет сложнее. ИМХО, можно попробовать так:
1) полностью снять с поддержки
2) загрузить cf конфигурации поставщика, при этом должно спросить о постановке на поддержку (это должен быть или специальный cf из оригинальной поставки, или cf поставщика, выгруженный через настройку поддержки). Конфа при этом полностью заменится, поэтому на БД не накатывать, иначе все пропало.
3) через сравнение/объединение догрузить отличия рабочей конфы от поставки и проверить все ли хорошо через "Сравнение конфигураций", сравнивая основную конфу и конфу БД
4) накатить изменения на конфу БД

И да! Бэкапы и еще раз бэкапы!

Вроде, можно и как-то более мягко сделать - загрузив конфу поставщика и накатывая ее частями на рабочую конфу с контролем изменений и постановкой частей на поддержку. Но как это сделать пошагово навскидку не вспомню.

Стоп. Вроде можно быстро полечить твою проблему. Если в тестовой из которой вы обновляли рабочую через файлы поставки все хорошо (нужная конфигурация поставщика и все остальное как надо), то можно просто попробовать обновить из нее рабочую. Но не через файлы поставки, а через полную выгрузку и загрузку cf.
При полной выгрузке/загрузке (в отличие от сравнения/объединения) переносится в том числе и информация о конфигурациях поставщиков и настройки поддержки. Ну а если нет - тогда откатать все на копии, а в рабочую потом через полную выгрузку/загрузку конфы перенести результат.