В ПараметрыШтрихкода.Штрихкод передавайте значение в таком виде:
"(01)" + GTIN + "(21)" + СерийныйНомер + "(91)" + Ключ + "(92)"+КриптоХвост
(это пример для легпрома)
Тогда компонента будет вставлять символ FNC1 в начало.
Тут документация по компоненте:
https://its.1c.ru/db/metod8dev/content/5963/hdoc