Как принудительно синхронизировать объекты при выгрузки?

как-то была похожая проблема, решали примерно так, - вводили реквизит "КодВыгрузки" , нумеровали справочник, по этому реквизиту, затем делали его недоступным для пользователя и соответственно прописывали, чтобы каждый новый элемент нумеровался (это в источнике), затем выгружается справочник в приемник по типу первого обмена, - чтобы нашел по коду, наименованию или идентификатору (в зависимости от ситуации), при этом он записывает в приемнике наш реквизит (правила конечно поправить надо), а дадьнейший обмен осуществляется с поиском по этому реквизиту. Проще говоря, - вводим свой идентификатор и по нему отслеживаем

Согласен с решением tat_star можно еще сделать регистр сведений соответствия и подставлять объекты в соответствии с этим регистром. Можно также внести данные в типовой регистр сведений "СоответствиеОбъектовДляОбмена", однако данные в этом регистре хранятся хитрым образом. Ссылка на объект в базе источнике хранится в сериализованном виде. так что на практике не представляет особой сложности получить представления ссылок объектов в базе источнике и записать их обработкой в данный регистр.

Посмотрите в сторону обработчика "Поля поиска" в этом обработчике можно задать последовательность полей поиска для синхронизации. Вот пример:
Если НомерВариантаПиска = 1 Тогда
СтрокаИменСвойствПоиска = "Код,Наименование";
ИначеЕсли НомерВариантаПиска = 2 Тогда
СтрокаИменСвойствПоиска = "ИНН";
ИначеЕсли НомерВариантаПиска = 3 Тогда
СтрокаИменСвойствПоиска = СтраховойНомерПФР";
КонецЕсли;

Если не очень то можно добавить отладочную печать.