Это давно уже в типовых, например - обмен УТ11 - БП30, синхронизация через универсальный формат. Причем иногда регистрируются справочники, документы никогда. Раньше регистрировались и снимались с регистрации при принятом сообщении, или вручную. В общем особо это не мешает, но сейчас задался вопросом зачем так сделали?
п.с. один документ не попадает в выгрузку, я конечно разберусь: на этапе регистрации или еще почему, но просто интересно.