Если в ПКО в настройках не установлена галочка "Искать объект приемника по внутреннему идентификатору объекта источника", и в КО у реквизита установлена галочка в "Поиске" (см. рисунок 2), то при загрузке с одинаковыми значениями реквизита (у которого установлена галочка в "Поиске") в базе Источника объекты при выгрузке "схлопнутся" и загрузится только последний объект (см. рисунок 3).
Результат выполнения без установки галочки в "Поиске" (см. рисунок 4) можно посмотреть на рисунке 5.