Интеграция 1С с сайтом на система управления сайтами 1C-Bitrix.

(1)
Написанное актуально для модуля интеграции Битрикс 7.0
1. Если номенклатура залита не из этой базы 1С то затереться будет на должна. При загрузке выполняется сопоставление по внешнему коду в битрикс (в 1С это гуид объекта либо значение общего реквизита Б_Идентификатор). Так же, для того чтобы позиция перезаписалась, в случае выполненного сопоставления, со стороны 1С в модуле обмена битрикс должно быть включено версионирование объектов Товары.
Так же, на стороне 1С в модуле обмена, можно включить деактивацию на сайте товаров, которые не были выгружены в текущей выгрузке. Это влияет только на отражение товаров в пользовательской части сайта.

2. На сайте можно создать дополнительный тип инфоблока под тестовый каталог и в настройках выгрузки в 1С настроить связь именно с ним по внешнему коду.

3. Наибольшая трудность возникла с обменом заказами 1С->Сайт. При обратном обмене сайт ожидает информацию об оплате и отгрузке товаров. При этом если этой информации нет, то удаляются те документы об оплате и отгрузке которые были созданы на сайте автоматически при оформлении заказа в магазине пользователем. А в этих документах содержится информация о способе оплаты, подробности доставки и прочее связанное с этим. Тащить же в 1С из битрикса документы которые в ней не нужны не хочется.