Перенос данных ЗУП 2.5 ЗУП 3.1

Нет
Работать придется параллельно в обеих базах

Думаю, только на базе КД можно слепить что-то более-менее стабильное.
Все-таки очень сильно отличаются и структуры таблиц и логика функционала, посему кустарные костыли обмена будут
только наращивать проблемы десинхронизации данных.

В любом случае, пока будет эта тянучка: "ведем учет и в 2.5. и в 3.1. параллельно" - головная боль у кадровиков, бухгалтеров и администраторов будет хронической с периодическими приступами истерии в любой из перечисленных категорий.

Последний абзац можете озвучить руководству для скорейшего прекращения этого бардака и придания волшебного пенделя тем,
кто не хочет поработать ручками в 3.1. и не может отказаться от "теплого лампового света 2.5"

А нет никаких готовых или почти готовых решений?

Вот переносятся же документы при переходе с 2.5 на 3.1, значит уже вшиты правила переноса документов в 3.1

Здесь на инфостарте есть обработки, осуществляющие выгрузку в EnterpriseData из КА и УПП. Если в них предусмотрен перенос и кадровых документов,то это вообще замечательно, можно приспособить/упростить для ЗУП 2.5

Проблема может быть в том, что ЗУП 3.1 ничего кроме отражения из формата не загружает.

Если рассматривать вопрос в общем случае (со всеми возможностями включения и отключения функциональных опций), - то да.
Для конкретной модели данных конкретного предприятия можно попробовать.

Для оптимизации кода и архитектуры в случае ЗУП 3 похоже была выбрана цель "ручная работа в облаке". Для автоматизированных загрузок он немного неудобный.