Принцип обмена следующий: в БП создаем "Способы отражения зп". В ЗУПе создаем аналогичные способы отражения. Указываем основной способ для организации. Либо отдельно для подразделений или по сотрудникам или конкретно для начисления.
Тестировал на релизе БП 2.0.66.46, но думаю, на релизах выше также отработает. ЗУП использовал 3.1.6.5.
Ведомости на выплату синхронизируются по вн. идентификатору либо по дате, номеру документа, организации.
Отражение зарплаты синхронизируется только по номеру, дате, организации.