Был добавлен новый вид документа и он теперь при обмене появляется во всех узлах РИБ, вне зависимости от того, где создан-в центральном узле или дочернем
Нормальное поведение РИБ.
Когда добавляли новый объект в плане обмена установили авторегистрацию? Регистрация других объектов как происходит?
Если нужны направленные обмены (Центр->Узел или Узел->Центр), то обычно авторегистрацию отключают и устанавливают по подписке регистрацию к обмену в зависимости от типа узла. Т.е. в коде прописывают направление обмена при регистрации к обмену.