Вопрос 1: почему номера "слетают" - в УТ отстают от Розницы. Это нормально?
1. Номер в приемнике меньше, чем в источнике - вероятно при загрузке в приемник происходит ошибка, может быть транзакция, а может быть ошибка синхронизации - бывает некорректная синхронизация, которая не может пройти за один раз.
2. Номер в приемнике больше, чем в источнике - чаще всего это связано с тем, что есть еще какая-то база (разработки или тестирования), которая проводит обмен с рабочей базой приемником и таким образом изменяет счетчик. Данные источника будут регулярно теряться
Вопрос 2: могут ли в будущем возникнуть ошибки, если вручную изменить номера сообщений в УТ и в Рознице - увеличить в обеих базах, при условии, что номер принятого сообщения в одной базе равен номеру отправленного в другой и прошел полный обмен данными, т.е. на регистрации ни в одной базе объектов нет?
В описанной ситуации проблемы нет. Вопрос в том зачем вы это делаете? Т.е. нужно понять криминальную ли ситуацию вы исправляете или это штатная ситуация по каким-то объективным причинам - Само по себе отличие номеров сообщений еще ничего не означает -
смотрите логи