Из одного документа источника один из двух документов приемника

три варианта:
1. создать параметр МассивЗагруженныхДокументов, тип значения Хранилище значения, если документ загружен, добавляете его в массив кй сохраняется в параметр, в обработчике где вы определяете загружать объект или нет, проверяете массив на наличие этого объекта.
2. то же самое как и в п.1 только чз подключаемую обработку.
3. если при выгрузке есть критерий по которому можно определить в какой объект нужно загружать, то тогда ваще не вижу проблем - созадете два ПКО и в зависимсоти от условия (критерия) используете одно из ПКО

сам п.п. 1 и 2 никогда не пробовал, может где-то возникнуть затык