1С 8

возможноть есть, конвертация данных на ИТС

Да, конечно. Только надо использовать другие правиле обмена из БП в УТ, скорее всего вновь создаваемом в конвертации.

в том и проблема что если я заного буду создавать обмен, то создадутся все элементы справочников и доков в обоих базах, т.к. 1С будет думать что это новые доки (данные будут дублироваться)

ну что то вроде получилось, пришлось убить полностью все данные по предыдущим обменом зачисткой всех объектов с ним связанных, это в основном РегистрыСведений, заного создать обмен теперь уже двусторонний и настраивать выгрузку, правда есть небольшие косяки, но вроде работает, когда откатаю в бою полностью отпишусь кому нибудь на будущее

недавно делал подобное, реализовал так:
1. по стандартному плану обмена происходит типовой обмен,
2. создал в обеих конфиг. план обмена нестандарт, ч/з который из БП в УТ выгружаются товарные документы,
замучился правила обмена писать, т.к. если ч/з обработку УниверсальныйОбменДаннымиXML все выгружается по ссылкам, например договор из ПТиУ, то в планах обмена фиг вам, нужно принудительно выгружать или включать в план обмена все ссылки

забыл добавить - почему сделал именно так, т.е. вывел обмен товарными документами в отдельный план обмена,
объяснение: исходил из принципа минимального изменения типовой конфы, т.е. при обновлении конфы все объекты поставщика обновляются полностью, созданные мною нестандартные планы обмена остаются, в случае если типовые планы обмена изменятся, то это никак не отразится на нестандартных планах обмена, а если бы я вносил изменения в стандартный план обмена, то после каждого изменения правил омбена поставщиком, пришлось бы переписывать правила обмена по новой