Как подключить правила ковнвертации при обмене к Плану обмена

Получается что-то вроде распределенной базы?
Возможно поможет. Имеем база1 и база2. Понадобится:
1.обработка замены значений для базы2
2.обработка генерации подразделений в базе2, взятых из базы1, со всеми реквизитами и главное ССЫЛКОЙ объекта!

Как делать:
1.генерируем список подразделений в базе1
2.создаем по списку подразделений в базе2 сами подразделениями с ССЫЛКАМИ базы1
3.меняем ссылки (замена значений) на старые подразделения в объектах базы2 на новые подразделения

Пробуйте.
используйте функции: УникальныйИдентификатор, ПолучитьСсылку, УстановитьСсылкуНового

На диске ИТС \1CIts\EXE\Conversion\2.1.6.4\setup\ находится программа конвертации данных. Установите ее, запустите 1с и добавьте новую базу - конвертация данных. В демоверсии есть помощь, там все подробно изложено

Обмен данными и конвертация данных - это две совершенно разные технологии. Тебе придется использовать их обе.
Обмен данными используй по старинке, а вот для конвертации данных тебе надо будет один раз создать правило конвертации и потом постаянно использовать созданное правило конвертации