Все уже есть в самой программе.
Контроль и восстановление нумерации документов
Экспресс-проверка ведения учета
"В экспресс-проверке ведения учета предусмотрен контроль хронологии ПКО, РКО и выданных счетов-фактур. Если хронологический порядок нумерации нарушен, то выдается предупреждение с перечнем документов, в номерах которых есть нарушение.
Перенумеровать документы можно вручную или автоматически. Автоматическая перенумерация доступна только пользователям с полными правами.