Особенно в процессе отладки обмена такое есть, когда меняют конфу, и т.д.
Обработка совсем простенькая: выбираем период, типы документов для проверки и далее она получает регистры, по которым делает движения документ, смотрит количество записей и, если их нет, сообщает об этом. Список документов с ошибками появится в отдельном списке, где их можно открыть и посмотреть в чем дело. Наличие строк в ТЧ документов, конечно, не проверяется.