необходим перебор документов для сравнения договора и контрагента в нем

Да как обычно обработкой. Делаем запрос у регистру бух, выбирая все регистраторы со счетов с субконто "Контрагенты" и "Договоры", ну а дальше сравнивай/меняй как надо.

Если это операция бух (введенная вручную) то см запросом регистр бухгалтерии с отбором по регистратору поля думаю будут понятны наверное Субконто Дт иди Кт какое-то
Если другие документы и договор и контрагент это реквизит документа то так же запросом
и условие аля Договор.Владелец <> Контрагент
получим список таких строк.
далее обрабатываем их. либо меняем контрагента либо меняем владельца в договоре, либо меняем договор на верный (как нужно вы должны знать по заданию)