Добавляете через внешние дополнительные обработки к документу "зарплата к выплате ".
После этого появится кнопка "Заполнение удержано в ведомости ЗП" у документа "Зарплата к выплате организации".
Через меню "заполнить" - "Заполнение удержано в ведомости ЗП". Учитывается все в разрезе месяца. Также учитываются, где было уже взыскано в ведомости на выплату.
Релиз ЗУП 2.5.152.1.