Встроенная в УТ 11.1 обработка отказалась приводить в порядок справочник НомераГТД, заявив, что количество дублей так велико, что она опускает руки и предлагает мне выкручиваться самому.
При изучении причин такого бессовестного поведения выяснил, что количество обрабатываемых элементов принудительно установлено в 1500, а при запуске обработки в режиме отладки уменьшается вообще до 50.
Самое логичное, на мой взгляд, решение - вывести реквизит с количеством обрабатываемых элементов на форму для возможности устанавливать значение в зависимости от ситуации, что я и проделал.
Дополнительно добавил интерфейс подключения в справочник внешние отчеты и обработки и возможность запуска обработки только пользователями с ролью "полные права".
Привел в порядок справочник и дополнительно проверил работу обработки на том, что было под рукой: УТ 11.1.10.116, ДО 2.0, БП 3.0.39.60.