Рассинхронизация РИБ. Плана обмена Полный

Достаточно часто возникают ситуация рассинхронизации баз. Когда в центральной базе есть необходимые данные. А в переферийной их нет. Например (договор/контрагент). А в документах которые работали с ними неверная ссылка (объект не найден).

Вопроса собственно несколько возникают в связи с этим:
1. Может я делаю что-то не так?
2. Как избавиться от подобных ошибок плана обмена?
3. Как правильнее регистрировать такие выпавшые объекты.

Настроена система следующим образом. Структура у предприятия достаточно обширная, с богатой географией. Поэтому существует 3х уровневая структура подразделений. Обмен в центральной базе ведется только с 2м уровнем (отделения), а отделения меняются уже с 3м (участки). В управлении БД MSSQL, в подразделениях файловая база. Настроен 3 разовый обмен. Утром, в обед и вечером.

У меня есть предположения, что рассинхрон может возникать, когда заглючит сервер 1с, mssql или же когда процесс обмена запускается несколько раз одновременно (вероятно в следствии криворукости сисадмина 1с).

Сейчас я регистрирую выпавшие объекты в настройках плана обмена. А в следствии того, что объёмы работ достаточно большие, то приходится регистрировать все объекты и регистры которые с ним связаны. Но в условиях, когда в базе > 20к контрагентов, мне кажется не целесообразным так поступать. Может есть какой-то способ, объяснить главной базе, чего не хватает в перефирийной?

P.S. Полностью отказываться от РИБ, возможности нет. Так как необходимо обеспечить автономную работу подразделений, в случае если нет связи с управлением.