Раздельный учет (разные ставки НДС)

Вопрос:
Организация ООО на общей системе налогообложения (оптовая торговля и услуги по ремонту) зарегистрирована в октябре. С этого же месяца ведется учет в программе. С 01 января 2011 года деятельность:
- оптовая торговля с НДС 18%
- платные услуги по ремонту с НДС 18%
- бесплатный гарантийный ремонт НДС не облагается (соглашение с сервисным центром, который возвращает стоимость запчастей и расходы на оплату труда по этому виду деятельности)

В учетной политике организации с 01 января 2011 года настройки закладки "НДС" отмечены пункты:
"Организация осуществляет деятельность без НДС или с НДС 0%"
"НДС начисляется сверху"
"Включать в стоимость или списывать на расходы в соответствии со ст.170 НК РФ"

В настройках параметров учета на закладке "Запасы" отмечены пункты:
"Ведется учет по партиям" (документам поступления)
"Учет по складам ведется по количеству и сумме"

В организацию поступает товар, далее происходит:
- реализация товара покупателю
- перевод товара в материал для использования в платном ремонте (с НДС) Используется документ "Перемещение товаров" на 10 счет на закладке НДС указано "не изменять"
- перевод товара в материал для использования в бесплатном (гарантийном) ремонте (без НДС). Используется документ "Перемещение товаров" на 44 счет, на закладке "НДС" указано "Влючать в стоимость, счет 44"

При продаже товаров и при списании материалов для платного ремонта в производство (требование-накладная) выскакивает сообщение (например):
"Проведение документа: Требование-накладная 00000000054 от 21.03.2011 12:00:06
Для целей учета НДС не списано 1,000 товара 1610210187 КОЛЬЦО, счет учета 10.05, склад Склад Запчастей
Для целей учета НДС не списано 1,000 товара 1617014134 ЩЁТКИ УГОЛЬНЫЕ, счет учета 10.05, склад Склад Запчастей"

Причем не по всем документам, а только по некоторым.
В чем сложность? Как это исправить? Влияет ли это на раздельный учет?
Начальные данные на 01 января для целей учета НДС не заводила. Не нашла регистр с такими данными.

И еще обратила внимание, что в документ "Распределение сумм НДС по приобретенным ценностям" в графу "Подлежит распределению" попадает стоимость товара, который был перемещен на 10 счет как материал и списан на деятельность, облагаемую по ставке 18%. Почему-то происходит распределение на деятельность без НДС и с НДС.