Больничный за счет федерального бюджета

военные не работают, а служат. Они получают не зарплату, а денежное содержание. Они - не члены профсоюза. Выходные и праздничные дни на военных не распространяются. И, наконец, никто не платит им больничный. Хоть в отпуске, хоть на службе военный получает одни и те же деньги - денежное содержание: за звание, за должность, за выслугу лет, за классность, за боевую готовность и так далее.
Далее, основанием для освобождения военнослужащего от выполнения служебных обязанностей по болезни (или по семейным обстоятельствам) является не справка врача, а приказ командира по части - на основании медицинской справки и рапорта самого военнослужащего. Военного отдают приказом и он уходит в отпуск по семейным или по болезни или с любой другой допустимой формулировкой.
И если кому-то командир не пошел навстречу, то это значит, что либо не было такой возможности, либо это решение продиктовано другими соображениями, в том числе самодурством командира.
И это не последние новшества, так было всегда. Служащие (гражданские по найму) могли получать даже больничный, но военнослужащие (это разные вещи) никогда никаких больничных не имели.

без скриншотов не понятно

Для начала проверить расчетом вне системы, что разница действительно должна считаться. Разница возникает, если стаж обычный и с учетом нестраховых дают разный процент больничного. Он у вас действительно разный?