Регистрация входящей корреспонденции

В идеале не давать пользователям менять состояние регистрации вручную. Когда это состояние двигают процессы, будет больше порядка.

Давайте по-порядку:

1. Интересует следующее: как построена нумерация;
Как правило нумерации строится от Номенклатуры дел организации. Начните с нее. Увидите весь перечень документов, какие-то вопросы отпадут сами собой.

2. как изменяется состоянии (все ли состояния по умолчанию используются?);
Прямо сейчас ДО под рукой нет, посмотреть не смогу, но насколько помню - да.

3. в какой момент происходит подписание руководителем (в каком состоянии, распечатывает документ секретарь или ответственный и т.п.).
Если документ входящий, то руководитель получает документ сразу после регистрации (одноименный процесс, обычно исполняется секретарем) и накладывает резолюцию (процесс Рассмотрение). Есть несколько вариантов процесса Рассмотрения, думаю Вы их уже видели. 1) Когда резолюция накладывается просто текстом, процесс возвращается к секретарю и она уже на основании этой текстовой резолюции создает процесс Исполнения и с исполнителями и сроками указанными в резолюции. 2) Руководитель сам в момент исполнения процесса Рассмотрение создает процесс Исполнения.
Тут в большей степени зависит от руководителя, какой из вариантов его устроит.

Если говорить о печати документа, то Входящий документ уже приходит извне. Как правило к нему распечатываю карточку документа после нанесения резолюции (Процесс Рассмотрение).

Еще особенность. Если документ зарегистрирован, его редактировать нельзя. Но если Вы разрешите пользователям менять состояние документа, то они смогут поменять состояние и отредактировать. Этого допускать не стоит. Если есть какие-то еще вопросы пишите, постараюсь ответить.