Было решено использовать бат файл, который запускает 1С с файлом параметров, создаем бат файл следующего содержания:
echo off
"C:\Program Files\1Cv77\BIN\1cv7.exe" config /Dd:\bases\basa1\ /M /NReindex /PReindex /@reindex.prm
Правим бат файл под себя (изменяем пути к базе данных) и добавляем его запуск в планировщик задач Windows.
В 1С создаем пользователя с с именем Reindex и даем ему права на запуск процедуры восстановления индексов базы.
Файл reindex.prm размещаем в том же каталоге где и bat файл, имя bat файла может быть любым.