При загрузки спецификаций обязательно учитывается артикул номенклатуры и той, в которую загружается сама спецификация и той в номенклатуре, которая загружается в табличную часть комплектующих спецификации.
Очищать табличные части при загрузке нужно убрать, просто у нас была ситуация, когда не тот файл загрузили, поэтому при повторной загрузке пришлось очищать всю комплектацию.
