У очень многих пользователей 1С вызывает конкретный негатив количество всплывающих окон в тонком клиенте от 1С (например тут) . Особенно все плохо обстоит с документооборотом или другими нагруженными событиями конфигурациями.
В общем, пока 1С придумывает, как их отключить, мы написали простенькую программу-закрыватель назойливых окон. Висит в трее, закрывает все, что всплывает. В интернет не ходит, на диск ничего не пишет :) Пользуйтесь на здоровье!